FredagsFrågan: Adenin vill hänga med Tymin

I fredags la jag ut en fråga på Instagram (finns du på Instagram så leta upp och följ @dnacoachen) bland händelser. Händelser hittar man längst upp i Instagramappen, de som är små cirklar.

Vårt DNA är uppbyggt av olika delar och det man brukar höra mest om är kvävebaserna som är fyra till antalet: adenin, cytosin, guanin och tymin. Det är dessa som bygger upp stegen i den karakteristiska dna-molelyken som är formad som en dubbelspiral.

Det smarta är att kvävebaserna alltid bildar par på ett speciellt sätt..

Adenin hänger med Tymin

Guanin hänger med Cytosin

Så rätt svar på fredagsfrågan var alltså C – Tymin

Vill du hjälpa?

Nu i augusti kommer polisen att ladda upp DNA som tillhör personen som knivhögg två personer till döds i Linköping för 15 år sedan till GEDmatch och FamilyTreeDNA i hopp om att man ska kunna få ledtrådar om vem mördaren är.

Har du testat dig hos FamilyTreeDNA och vill opta in för Law Enforcement gör du så här:

  1. Uppe till höger går du in under Account Settings.
  2. Därifrån väljer du Privacy & Sharing i menyn och sedan väljer du Opt In to Law Enforcement.

 

 

På samma sätt måste du göra en Opt in hos GEDmatch om du har laddat upp ditt resultat där, har du inte den lilla police-symobolen bredvid ditt kit, gör så här:

  1. Klicka på den lilla pennan.
  2. Längst ner ser du din inställning och vill du att polisen ska ha tillgång, klicka i Public with Law Enforcement access.
  3. Tryck på Changeknappen för att spara.

 

Belle in the Well – identifierad som Louise Virginia Peterson Flesher

Den 22 april 1981 hittades en kvinna i en vattencistern i utkanten av Chesapeake i Ohio. Man trodde att kvinnan kunde ha legat där i upp till två år och att hon var mellan 30 till 60 år. Rättsläkaren kom fram till att kvinnan blivit strypt men kroppen var i så dåligt skick att man varken kunde säga hårfärg eller ögonfärg.

37 år senare får de ansvariga för utredningen kontakt med Dr Colleen Fitzpatrick och DNA Doe Project. Volontärer som med hjälp av släktforskning och DNA försöker identifiera kroppar där man inte känner identiteten.

Det tar 14 månader och 9 dagar, sedan har man lyckats fastställa identiteten till Lousie Virigina Petersom Flesher, född 1915. Hon var alltså 65 och äldre än vad man trodde 1981.

DNA Doe Project kunde med hjälp av 181 DNA matcher som matchade Belle in the Well, hos Gedmatch bygga upp ett släktträd som när de lyckats komma fram till vem hon borde vara innehöll 43 130 personer. Då hade man lagt ner 10 000 timmar och ungefär 30 personer hade hjälpt till.

Det som ställde till det var att det fanns en hel del anförluster, så istället för att kusiner var släkt på ett sätt kunder de vara släkt på flera olika sätt. Föräldrarna var dock inte släkt med varandra och de flesta lite närmare släktingarna hörde alla hemma på den ena förälderns sida. Något annat som ställde till det var att DNA:t var svårt att ta fram och det var kontaminerat med bakterier efter att ha legat i vatten så länge.

Identiteten kunde sedan fastställas genom att man tog ett DNA-test på Louises yngsta dotter och därmed visste man att Belle in the Well var Louise Virginia Peterson Flesher. Lousies pappa var från Tyskland.

Turligt nog hade man lyckats komma fram till vem Belle in the Well var i februari tidigare i år. När Gedmatch ändrade i sina användarvillkor i maj att man är tvungen att aktivt logga in och “opta in” för att ens DNA ska kunna användas vid sådana här sökningar så försvann alla matcher som Belle in the Well hade…

Längt till höger ser vi Margaret Press och till vänster om henne Colleen Fitzpatrick, grundarna av DNA Doe Project. De medverkade båda under presskonferansen idag den 29 juli 2019 när man meddelande identiteten av Belle in the Well.

Om Louise vet man egentligen inte så mycket. Hon var gift och hade barn men av olika anledningar hade inte familjen kontakt med varandra. Den enda bild på henne som vuxen som man lyckats hitta är från skolan, 1934, när hon är 19 år gammal. Så, om hennes utseende stämmer överens med de bilder man under åren har försökt plocka fram för att försöka hitta någon som känner igen henne, kan ingen svara på just nu ialla fall.

Nu återstår att försöka hitta vem som bragt henne om livet.

Om några timmar kommer hennes post i NamUsdatabasen att uppdateras med att identiteten är känd.

Ancestry ThruLines – tips

Ancestry ThruLines är ett ny funktion hos Ancestry som implementerades i juli i år. Genom att titta på träd (både publika och privata, men sökbara) försöker Ancestry tipsa dig om hur du skulle kunna vara släkt med dina DNA-träffar.

För att ThruLines ska fungera måste vissa kriterier vara uppfyllda:

Men.. hur vet jag när det har tillkommit ett nytt ThruLine-tips?

Just nu verkar man inte få någon indikation på att det dykt upp någon ny ThruLine men det finns en liten work-around man göra för att själv se om det dykt upp något.. man måste bara förbereda lite…

Ovanför din matchlista kan du göra olika filtreringar.

Så, börja med att under Filters välja Common Ancestors. Det är här du hittar matcher där Ancestry indikerar att det finns en gemensam ana med en annan match.

 

En annan funktion som Ancestry har lagt till nyligen är att man kan sortera in matcher i olika grupper. Jag kan tillexempel välja att skapa en grupp som heter Richards. I den kan jag putta in alla DNA-matcher där jag vet att vi har Nils Svensson Rickard, skomakaren i Vinslöv som gemensam ana. Det som är lite extra fiffigt är att en match kan ligga med i flera grupper.

Så, därför skapar jag en grupp som jag döper till TL och i mitt fall så har jag gett det en tydlig grön färg. Alla matcher som jag hittar under filtret Common Ancestors lägger jag med i gruppen TL. Har man många så blir det lite klickande men det har man igen senare.

När jag sedan går in och kikar på mina matcher nästa gång och tittar under Common Ancestors ser jag ganska snabbt om det är någon match som inte har den gröna pluppen på sig och alltså är ett nytt ThruLine-tips.

Komihåg att det inte alltid är nya matcher som kan dyka upp som ett nytt TrueLine-tips. Det kan vara en gammal match som har kopplat sitt resultat till ett träd, eller som har lagt på några generationer så Ancestry hittar en ThruLine-koppling.

Vill du veta mer om hur ThruLines fungerar så kika gärna på denna YouTube-film.

Golden State Killer – I’ll be gone in the dark – nu på svenska

Michelle McNamara drev hemsidan True Crime Diary och la ner mycket tid på att sätta sig in i allt som rörde the Golden State Killer. Michelle avled 2016, i sömnen, 46 år ung. Hennes make, Patton Oswalt, en känd komiker och skådespelare, såg till att boken blev färdigställd och den publicerades i februari 2018. Den gick snabbt upp på topplistorna.

Hennes bok är en bra sammanfattning över de olika brotten och hur det hela eskalerade från inbrott till våldtäkter till mord och det var Michelle som gav honom namnet the Golden State Killer. Eftersom brotten utfördes på en rad olika platser och distrikt visste man inte från början att den var en och samma gärningsman. Han hade namn som East Area Rapist, The Visalia Ransacker och The Original Nightstalker.

Ett par månader efter att boken släppts grep polisen en misstänkt som man hade lyckats ringa in med hjälp av DNA.

Och nu finns boken på svenska – Jag försvinner i mörkret.

Jag som redan läst och har den på engelska kommer nog inte att köpa den svenska versionen.

Här berättar Patton om sin reaktion när han hörde att polisen gripit en misstänkt.

En intervju strax efter att boken släpptes

 

 

 

Nya funktioner hos Gedmatch Genesis

Det finns två nya funktioner för Tier1 användare hos Gedmatch Genesis.

  1. AutoCluster, utvecklat av Evert-Jan Blom från Genetic Affairs. Evert-Jans autokluster verktyg kom i höstas och då kunde man använda det med Ancestry, FamilyTreeDNA och 23andme. I februari dök funktionen upp som en integrerad del i DNA-verktygen hos MyHeritage och nu finns den alltså att köra hos Gedmatch. Perfekt. Har man en person som kanske finns på Ancesty och Gedmatch kan man ju se om den personen finns i ett kluster med personer som har lagt upp sig på Gedmatch från FamilyTreeDNA och få ytterligare ledtrådar om gemensam ana. HURRA säger jag!
  2. Skapa superkit. Olika testbolag tittar på olika positioner när de analyserar våra DNA-test. Har kan testat sig på olika bolag, till exempel Ancestry och FamilyTreeDNA så kan det nya verktyget skapa ett kit där både resultaten från Ancestry positionerna och FamilyTreeDNA positionerna hamnar i ett och samma kit hos Gedmatc Genesis. Jag har sett en del instruktioner på hur man skulle kunna göra detta manuellt med till exempel Excel och jag har själva haft planer på att utveckla ett program som skulle kunna göra det (och nu behöver jag inte det längre 🙂 ). Jag har bara laddat upp från ett testbolag för att inte bli förvirrad av matcher mot mig själv men nu ska jag testa och se hur det blir. Jag funderar på hur det blir om till exempel testbolag 1 har gjort ett läsfel på en position och fått resultatet A medan testbolag 2 har fått ett G. Spännande – återkommer.

 

Man kan köpa en månads tillgång till extra verktyg som finns under Tier1 för 10 USD. Betalningen sker via PayPal. Pengarna som kommer in från de som köper Tier1 medlemsskap hjälper till med kostnaderna att driva sidan som i övrigt är gratis.

Ancestry ThruLines – hittar jag min fader okänd nu?

I februari, under RootsTech i USA, släppte Ancestry ett nytt DNA-verktyg, ThruLines.

Kortfattat kan man säga att det går in och tittar på dina DNA-träffar och försöker sedan genom att jämföra ditt träff släktträd med ditt hitta er gemensamma ana. Är det så att din träff (eller du) kanske bara lagt ut ett par genrationer kikar ThruLines i andra träd som finns på Ancestry för att se om det går att “bygga ihop” era träd.

Så, ThrueLines ger dig alltså förslag på hur släktskapet skulle kunna se ut så du får något att jobba vidare med, precis som de gröna löven man får ger förslag på dokument som kanske handlar om din släkting eller att någon annan har samma person i sitt släktträd.

Jag har tittat igenom förslagen jag har fått och hittat något som jag tycker är väldigt intressant.

Men först får vi ta oss tillbaka i tiden, till Farstorp i Skåne och 1881. Då föddes min morfars mor Hanna, som oäkta, av Karna Nilsdotter Rickard från Vinslöv. Varken i födelseboken eller i husförhörslängderna står det något om vem som är far till Hanna.

Hanna, född 1881

Karna blir senare hushållerska hos änklingen Per Persson. Han har fått fyra barn i sitt tidigare äktenskap. Frun Elna dör 1873, i en ålder av 35 år och yngste sonen är då bara fyra år.

Kan ThruLines hjälpa till att lösa vem som är Hannas far?
Karna får förutom Hanna tre barn till, oäkta. Men nu står det att Per Persson är pappa till barnen. Per och Karna gifter sig aldrig och I Pers bouppteckning finns barnen från det första äktenskapet upptagna som arvingar.

I dödboken står Karna som ogift men hon och Per är begravda i samma grav och det står Karna Persson på gravstenen.

Så, i Ancestrys ThruLines har det nu kommit upp DNA-träffar som går via Per Persson. Det är tre olika personer, någon finns i USA och de andra i Sverige. Det är väldigt avlägsna träffar, räknade som halva 5th cousins 1 removed med delat DNA på 14 cM, 7 cM och 6 cM.

Det här är träffar som jag vanligtvis inte skulle lagt ner så mycket tid på men just i det här fallet är det ganska intressant ändå.

Eftersom personerna är testade hos Ancestry finns det ingen kromosominformation så jag kan inte föra över dem till Genome Mate Pro eller måla in dem i DNAPainter. Det finns inte heller några gemensamma matcher med dem.

Tittar jag på hur Ancestry tror att vi hänger ihop så har de lagt på någon generation bakåt på mitt träd som jag måste kolla om det stämmer och samma med mina matcher. Platserna stämmer hyfsat bra, så det skulle kunna stämma.

Nu då?

Min plan är nu att först och främst kolla om träden stämmer. Är så fallet kommer jag att utifrån hypotesen att Per är Hannas far se om jag kan hitta matcher hos FamilyTreeDNA och MyHeritage som skulle kunna bekräfta att så är fallet. Jag behöver dessutom forska mer på Pers sida, några generationer bakåt och sedan framåt för att se om jag hittar något jag känner igen. Och så tror jag att jag får be mamma att testa hos Ancestry också för att se så att hon också får träff på de här personerna.

Som sagt

Jag hade troligtvis inte lagt någon tid på de här träffarna i normala fall, det finns så många andra träffar med betydligt bättre värden att hitta släktskapet till men just att det skulle kunna vara en indikation på att Per är far även till Hanna gör det värt att undersöka för mig.

 

DNA testa vovven

Jag och vovven i augusti 2018. Jag är på väg till 40-tals helgen på Fredriksdals friluftsmuseum.

 

Jag har DNAtestat mig sjäv, mina föräldrar, sambon och ett antal släktingar därtill och DNA-släktforskning är ju fantastiskt roligt, spännande och lärorikt.

Så, av ren nyfikenhet började jag undersöka vad det fanns för topsningsalternativ
för vovven.  När det gäller hundar så verkar testerna mycket gå ut på att få fram sjukdomsinformation, om ens husdjur ligger i riskzonen för någon sjukdom eller om han är bärare av speciella gener.

Nu var vår hund, en stilig schäferhane vid namn Tello, närmre 15 år, viket jag tycker
är en smått fantastisk ålder för en sådan ras och sjukdomsinformation inte speciellt intressant med tanke på det.

Jag fastnade för ett test från Embark. Anledningarna var ett par, det gick att beställa via Amazon och i informationen stod att man skulle få tillgång till rå-datafilen. Eftersom jag gillar att titta på oändliga filer med information kände jag att detta var ett test som skulle passa mig och Tello.

Jag valde snabbaste leveransalternativet och efter ett par dagar stod ett bud i trädgården
med testet.

Lådan innehöll instruktioner och en tops modell lite större än de vi själva är vana vid från till exempel FamilyTreeDNA. Sagt och gjort. Topsningen gick enkelt och smärtfritt. Mungipan och sedan lite fram-och-tillbaka i nederkäken, total tid cirka 15 sekunder med mycket prinskorv som belöning efteråt. Idealet är cirka en minut men jag lyckades ändå få tillräckligt.

Innan man skickade in testet skulle det aktiveras med en medföljande kod. Därefter åkte det lilla paketet på brevlådan. Efter en dryg vecka var det framme på labbet och sedan fick man mejl om hur själva processen framskred.

Knappt en månad senare var det klart och man kunde logga in.

En trevlig överraskning var att jag fick reda på haplogrupper för både den raka möderslinjen (mtDNA) och raka faderslinjen (Y-DNA), jag hade inte uppfattat att det var något som ingick i testet.

Tellos mt haplogrup och haplotyp var alltså C1 respektive C27/37

Precis som man får migrationskartor hos till exempel FamilyTreeDNA får man migrationskartor hur hundarna har vandrat.

Visst blir det lite extra spännande när man får reda på att mt-linjen är exotisk och förekommer hos vargar, rävar och schakaler och att långt bak i tiden är det en hund som parat sig med en varghona.

 

Tellos raka manliga linje, Y-DNA var A1a och H1a.15. Den är allra vanligast bland schäfrar.

 

Jag fick reda på att Tello var renrasig schäfer, det var ingen överraskning eftersom han kommer från en schäferkennel. Här kan jag tänka mig att det kan vara riktigt spännande om man har en blandrashund att kunna bena ut vilka raser den har i sig. En matchlista med släktingar finns också.

 

Eftersom han är renrasig gör det att hans matcher ser ut att vara väldigt nära träffar, med den översta matchen delade han över 55% DNA vilket i princip skulle motsvara syskon. I sin matchlista kan man gå in och titta på matchernas profiler och se var de bor och om deras hussar/mattar har lagt upp bilder och annan information. Här kan man också få fram en kromosomvisare som visar hur och på vilka kromosomer de matchar. Hundar har 39 par kromosomer.

Vidare kunde jag se att han inte låg i riskzoner för någon av de sjukdomar man testade mot och inte heller bärare. Det är det här som är den stora skillnaden mot när vi människor testar oss ur släktforskningssynpunkt, det är DNA-t som inte innehåller gener som analyseras. Hos Embark tittar man på generna också.

Under menyn traits kan man verkligen nerda ner sig. Tello har ett avsnitt som handlar om färgen på pälsen. Tittar man på till exempel schäfrar har de olika masker / möster i ansiktet. Här kan man få mycket information om vilka gener som påverkar hur färgen och masken ser ut. Allting är väl förklarat på lagom nivå och med länkar till mer avancerad information. Ska väl tillägga att eftersom det är ett amerikanskt företag är hemsidan på engelska.

Priset: Jag beställde från Amazon: 1686 med snabb leverans 101 kr. Importkostnad
var 447 så totalpriset landade på 2235. Jämför man med ett autosomalt test för människa är det såklart en hel del mer men med tanke på att man får haplogrupper, sjukdomsinformation och intressant läsning om diverse gener som påverkar till exempel pälsfärgen och form på svans så tycker jag, att man får väldigt mycket för pengarna.

Resultatet som presenteras på sidan är användarvänligt och lättnavigerat. För att hjälpa till med forskningen finns det ett antal undersökningar man kan delta i om man vill.

Jag som hållit på med mänsklig DNA-släktforskning i flera år tyckte att det var väldigt givande och kul att titta närmre och lära mig mer om våra fyrbenta vänners DNA i allmänhet och Tellos DNA i synnerhet.

Tello fick somna in den 2 mars 2019 efter ett långt liv som förgyllt vår tillvaro. Vi drog verkligen vinstlotten.