En kopp inspiration – DNAGedcom

Det mesta är inte som vanligt och jag som brukar läsa mycket nyheter, titta och lyssna på nyheter och vara mycket på sociala medier har dragit ner rejält på den biten just nu.

Det är naturligtvis inte så att jag inte bryr mig men det blir överväldigande vissa stunder. Och det mesta kan jag inte påverka eller göra något åt så jag försöker fokusera på det jag kan göra istället.

En sak som jag KAN göra är att dela med mig av min kunskap. I måndags höll jag ett webinar med några av mina tips när det gäller emigrantforskning. Gratis för de som var med och tittade live men även möjlighet för de som tittade att hjälpa mig (på det sätt som de själva vill och kan) – mejla mig feedback på webinariet, anmäla sig till mitt nyhetsbrev eller swisha. I onsdags ställde jag upp med mitt kunnande och såg till att de tekniska förutsättningarna för att kunna flytta ett fysiskt DNA-café till ett dito sådant fungerade. Och vad roligt det var att se alla som kopplade upp sig och var med.

Idag har jag bjudit in till digital fika och eftersom jag vill att de som håller mig sällskap ska få något med sig kommer jag att visa lite hur Zoom fungerar, förhoppningsvis kan de ha nytta av det, eller dela med sig till någon annan.

Min plan är att försöka dela med mig av något varje vecka nu framöver för att det är det som just jag KAN göra just nu.

Men att bara ge av sig själv det fungerar inte i längden och under mars har jag själv hämtat grymt mycket inspiration och fått energi från Finding Family Togerther – gemenskapen för DNA-släktforskare och månadens tema: DNAGedcom och Genetic Familiy.

För er som inte känner till Finding Family Together så är det en webgemenskap Christina Sagersten startade och som hade premiär i februari förra året. Varje månad är det ett tema och på det temat är det webinar, workshop och frågelive. Jag har varit med och hjälpt till från början och jag tycker att det har varit otroligt inspirerande att få lyssna på föredrag med alla de som varit med. Visst, det är säkert många som har sett ett webinar eller föredrag med många av föreläsarna men att få ställa just sin specifika fråga till internationella föredragshållare och de svenska också för del delen är häftigt. Är man medlem finns det även en Facebookgrupp där man kan diskutera och ställa frågor – vi hjälps åt.

Så, temat under mars har varit DNAGedcom och Genetic Family. Och svaret på FredagsFrågan var som av en händelse DNAGedcom, det är där man hittar Collin Leeds Method.

DNAGedcom var ett av de verktyg som fanns när jag fick mitt DNA resultat 2013. Det har utvecklats sedan dess och utvecklas fortfarande. Föredragshållarna var Rob Warthen och John Collins och jag är så imponerad av personer som verkligen har hittat sin passion och mission att hjälpa andra. Rob fick frågan av sin blivande svärmor, han som var datakille, kunde han inte hjälpa till att hitta dotterns biologiska föräldrar? Det var då han började utveckla de första verktygen och ja, han hittade föräldrarna. John har träffat en hel del släktforskare som berättat hur det han utvecklat hjälp dem i sin forskning och den feedbacken driver honom.

Jag träffade Rob och John tillsammans med Kevin Borland som utvecklar verktyg för dnarekonstruktion (han var föreläsare i november hos Finding Family Together och det är så grymt intressant och spännande det han gör) under RootsTech i London förra hösten och för min del var deras utställningsbås ett av de mest intressanta.

Jag, John Collins, Kevin Borland och Rob Warthen, RootsTech London 2019

Men tillbaka till Collin Leeds method, vad är det?

Jo, vi får ju egentligen otroligt mycket information när vi tagit ett dna-test och testföretaget presenterar datat på ett sätt. Ibland tar vi en del av informationen och lägger in i något annat verktyg, till exempel DNA-paintern, då är det segmentdatat vi tittar på visuellt och jämför med våra andra matcher.

Med DNAGedcom samlar vi in informationen och hämtar ner den till vår egen dator och där kan vi sedan välja att titta på den på olika sätt. Det är ofta när vi kan se informationen från olika synvinklar som vi kan pussla ihop och få det stora sammanhanget, till exempel hur våra olika matcher hör ihop.

Collin Leeds Method är en klusterfunktion och det finns en hel del olika knappar och spakar att dra i (möjlgheter till olika inställningar med gränsvärden och så vidare menar jag alltså) för att försöka få fram just de värdena som ger mig de ledtrådar jag behöver just då.

Jag kan till exempel ställa så att jag får fram några perfekta kluster för att kunna visa att kluster 1 kommer från farmor, kluster två kommer från farfar och kluster 3 kommer från morfar. Utifrån den vetskapen kan jag ändra mina ingångsvärden för att se hur det kan hjälpa mig vidare. Beroende på vad jag söker och vill ha svar på.

Till vänster i bild ser man en klickbar trädsymbol som tar mig direkt till matchens träd. Ser jag löv i klustren finns där tips om att mellan dessa matcher finns det träd som innehåller personer med samma namn och håller jag muspekaren över ser jag namnet på denne.

Klickar jag på ett kluster kan jag välja att få upp alla personer i klustret i kromosomvisarformat (fungerar inte om man läst in från Ancestry eftersom de inte skickar med segmentinformation). Och det finns så klart stöd för att läsa in klustren direkt i DNA-paintern.

Jag kan även välja att få alla få se alla personer i klustret i en lista med information om personer i deras släktträd. Och så vidare och så vidare.

Och det här är bara ett av verktygen. Det finns fler. Och det utvecklas fler, just nu! Det var extra roligt att vi fick se vad som är på gång och testas just nu och som kommer att släppas om ett tag. Jag har efter att bara få se lite av just det insett att här kommer jag att få mycket hjälp och säkert spara massor med tid framöver.

DNAGedcom har en användargrupp på Facebook som man kan gå med i: https://www.facebook.com/groups/DNAGedcomUserGroup/ Man hittar mer information på https://www.dnagedcom.com/ hur man går tillväga för att få tillgång till allt (man kan ju börja med att testa en månad för 10 USD om man vill se hur det fungerar)

Vill du veta med om Finding Family Together hittar du information här: https://www.findingfamily.nu/

Ta hand om dig!

PS: Senaste filmen från DNA med Åsa och Linda som handlar om One2Tree finns nu publicerad. DS

Ny automatisering: Cluster Auto Painter

I somras satt jag och målade in resultaten från mina auto-kluster körningar manuellt i DNA-paintern. Det tog en stund kan jag säga, men det var väldigt intressant att se hur klusterna hängde ihop.

 

Nu har det kommit en ny automatisering som hjälper till att måla resultatet man får från autokluster i DNA-painter. Jag har testat och tänkte beskriva hur det fungerar om man har kört auto-gruppering i MyHeritage. Man hittar verktyget på dnapainter.com och det heter Cluster Auto Painter – förkortat CAP. Resultatet blir att de olika kluster man får när man kör autogrupperingen målas in i DNA-paintern och varje kluster blir en grupp i DNA-paintern. Precis på samma sätt som när jag satt och gjorde det hela manuellt tidigare.

För att få ut resultatet behövs två filer, dels en .html fil med autogrupperingen och dels en .csv fil där alla segmentdata från alla matcher finns.

Fil1: (html-filen)

  • Gå in under menyn DNA hos MyHeritage. Välj DNA-verktyg.
  • Där finns Auto-gruppering – klicka på Utforska
  • Välj för vilket av dina testkit du vill göra Auto-grupperingen och tryck på Generera
  • Filen kommer till din mejlbox

Fil2: (csv-filen)

  • Gå in i matchlistan för det kit där du genererade Auto-grupperingen.
  • Under de tre prickarna längst till höger, välj alternativet Exportera gemensam DNA-segmentinformation för alla DNA-matchningar.
  • Filen kommer till din mejlbox.

Tips: Det kan ta ett tag innan filerna kommer på mejl så om du har flera kit som du vill testa så “beställ” alla filer när du ändå håller på. Min Autogrupperings-fil kom ganska snabbt men segmentfilen tog drygt två timmar.

Nu har du fått två mejl med två packade (zippade) filer. Packa upp dem. I den ena hittar du  html-filen tillsammans med en csv-fil och en readme-fil. Html-filen heter något likande

Linda Kvist AutoClusters - FT-XXXXXX - December 30 2019.html

och den kan du titta på i en webläsare och se vilka kluster du har fått.

Det andra mejlet innehåller en csvfil somheter något i stil med.

Linda Kvist Gemensamma DNA-matchningssegment 30 december 2019-FT-XXXXXX.csv

Nu är det dags att logga in i DNA painter och under Tools välja Cluster Auto Paint.

Eftersom vi har hämtat filerna från MyHeritage väjer vi MyHeritage. Jag har kört autogrupperingen på min pappas kit därför väljer jag Male. Jag lämnar värdet om minsta segment som målas på 7 cM.

Där det står Browse for a cluster html-file väljer jag in min html-fil. Alternativet för att välja in  csv-filen kommer då fram och jag väljer in min csv-fil.

Nu är det dags att klicka på Generate Chromosome Map.

Efter några sekunder är det klart – betydligt snabbare än vad det tog för mig i somras….

Till höger ser vi att varje kluster har fått en egen grupp med namnet på klustret och en färg. Färgerna på klustren och färgerna som kommer i DNA-painter är inte samma utan de kan skilja sig åt.

Nu kan man börja analysera. Tittar jag på kromosom 1 ser jag till exempel att där finns det två personer från flera kluster men jag vet att de orange som finns i kluster 3 är på pappas farfars sida och jag vet att de blågröna i kluster 1 hör hemma på pappas mormors sida.

Som sagt, nu är det bara att fortsätta att titta igenom resultaten och försöka klura ut var matcherna hör hemma.

Ha det gött!